手术中使用的医疗器械有高温灭菌法和低温灭菌法两种消毒方式。临床上应用最为广泛，对能耐受潮湿高热的器具和物品，常用压力蒸汽灭菌法。对不能耐高温的医疗器械可采用环氧乙烷灭菌法。
1、高压蒸气灭菌法
是目前医院内应用最多的灭菌法，效果很可靠。高压蒸气灭菌器分为下排气式和预真空式两种。
高压蒸气法适用于大多数医用物品，包括手术器械、消毒衣巾及布类敷料等的灭菌。为保证高压灭菌的效果，使用过程有严格的规定:①灭菌包裹体积的上限为:长40cm、宽30cm、高30cm;②包扎不能过紧，不用绳扎;③灭菌室内不宜排得过密。下排气式蒸气灭菌器的装载量为柜室容积的10% ~ 80%，预真空式蒸气灭菌器的装载量为柜室容积的5% ~ 90%，以免妨碍蒸气透人，影响灭菌效果; ④预置专用的包内及包外灭菌指示纸带，当压力及温度均达到灭菌要求时，特殊包内卡由无色变为黑色，包外指示带即出现黑色条纹;⑤已灭菌的物品应注明有效日期，通常为2周。
2、化学气体灭菌法
这类方法适用于不耐高温、湿热的医疗材料的灭菌，如电子仪器、光学仪器、内镜及其专用器械、心导管、导尿管及其他橡胶制品等物品。目前主要采用环氧乙烷气体灭菌法（1-6小时）、过氧化氢等离子体低温灭菌法（28-75分钟）和甲醛蒸气灭菌法等。
3、煮沸法
此方法适用于金属器械、玻璃制品及橡胶类物品。在水中煮沸至100℃并持续15 ~ 20分钟，一般细菌即可被杀灭，但带芽胞的细菌至少需煮沸1小时才能被杀灭。该方法简单易行，效果肯定，在部分基层医疗单位或急救场合采用。为节省时间和保证灭菌质量，高原地区可采用压力锅作煮沸灭菌。压力锅内的蒸气压力可达到127.5kPa，锅内最高温度为124℃左右,10分钟即可达到灭菌效果。
4、药液浸泡法
锐利手术器械、内镜等还可以采用化学药液浸泡达到消毒目的。目前临床上大多采用2%中性戊二醛作为浸泡液，30分钟达到消毒效果，灭菌时间为10小时。用于消毒的其他品种浸泡液包括10%甲醛、70%酒精、1:1000苯扎溴铵和1:1000氯己定等。
5、干热灭菌法
适用于耐热、不耐湿，蒸气或气体不能穿透物品的灭菌。如玻璃、粉剂、油剂等物品的灭菌。干热温度达到160℃，最短灭菌时间为2小时，170℃为1小时，180℃为30分钟。
6、电离辐射法
属于工业化灭菌法，主要应用于无菌医疗耗材（如一次性注射器、丝线）和某些药品，常用60Co释放的γ射线或者加速器产生的电子射线起到灭菌作用。
